فعاليت آموزشي تحصیلات تکمیلی دانشگاه حضرت ولی عصر (عج) رفسنجان از سال تحصيلي 1376 با پذيرش 4 دانشجو در مقطع كارشناسي ارشد رشته تحصيلي علوم ریاضی فعاليت خود را آغاز کرد. در سالهای بعد، ضمن افزايش ظرفيت پذيرش دانشجو، دورههای کارشناسی ارشد در ساير دانشکدهها از جمله دانشکده علوم در سال 1380 و دانشکده کشاورزی و ادبیات و علوم انسانی در سال 1384 ايجاد شد. همگام با پيشرفت قابليتهای علمی دانشگاه، روند رو به رشد دورههای تحصيلات تکميلی ادامه يافت و نخستين دوره دکترا در سال 1384 در دانشکده علوم ریاضی افتتاح شد؛ متعاقب آن در سال 1390، دانشکدههای علوم پایه و کشاورزی شروع به پذيرش دانشجوی دکترا نمودند. تحصيلات تکميلی دانشگاه از زمان تأسيس تاکنون فعاليتهای چشمگيری در زمينههای ايجاد، تقويت و گسترش دورههای کارشناسی ارشد و دکترا داشته است. هم اكنون تعداد رشته هاي دوره هاي تحصيلات تكميلي اين دانشكاه به بيش از 37 رشته در مقطع كارشناسي ارشد و 14 رشته در مقطع دكتري رسيده است. از ابتدای تأسیس دانشگاه تاکنون 464 عنوان پایان نامه به تصویب شورای تحصیلات تکمیلی دانشگاه رسیده است. از میان پایان نامه های تصویب شده تاکنون 296 پایان نامه با موفقیت مورد دفاع قرار گرفته و ارائه دهندگان آنها فارغ التحصیل شده اند. با توجه به اینکه دانشگاه حضرت ولیعصر(عج) به عنوان یکی از دانشگاههای خوب کشور به ویژه در منطقه جنوب شرق می باشد، معمولا عناوین پایان نامه ها، عناوینی است که مورد نیاز جامعه علمی و تحقیقاتی کشور و بخصوص مشکلات منطقه است. کیفیت پایان نامه ها و تنوع موضوعات آنها و همچنین نحوه دفاع دانشجویان از پایان نامه ها همگام با رشد کیفی جلسات دفاع سیر صعودی داشته و خوشبختانه شاهد رشد چشمگیری در این زمینه هستیم.