اهم وظايف اين معاونت مي‌توان به موارد ذيل اشاره كرد:
الف - وظایف عمومی:
ابلاغ کلیه مصوبات، مقررات و آیین نامه‌های ابلاغی از سوی رئیس موسسه به واحدهای ذیربط و پیگیری و نظارت بر حسن اجرای آن؛
تدوین آیین نامه‌ها و دستور العمل‌ها و دستور جلسات مرتبط با وظایف معاونت جهت پیشهاد به مراجع ذیصلاح برای تصویب؛
ارائه گزارش‌های توجیهی لازم به رئیس موسسه در خصوص وظایف مربوط به واحدهای تحت نظر؛
پیشنهاد افراد واجد شرایط برای تصدی سمتهای مدیرتی در حوزه معاونت به ریاست موسسه؛
نظارت بر واحدهای وابسته به منظور حصول اطمینان از حسن اجرای وظایف آنها؛
برنامه‌ریزی، تنظیم فعالیتها و پیشنهاد بودجه سالیانه معاونت ذیربط مطابق با اولویتهای موسسه؛
همکاری با سایر معاونتها جهت حسن اجرای برنامه‌های موسسه؛
انجام سایر امور محوله از سوی رئیس موسسه.
ب - وظایف اختصاصی:
اداره و نظارت بر حسن اجرای کلیه سیاستها، مقررات و فرایندهای آموزش و تحصیلات تکمیلی موسسه، منطبق بر قوانین، مصوبات، مقررات و آئین‌نامه‌های اجرایی مربوطه با رویکرد گسترش دوره‌های تحصیلات تکمیلی؛
برنامه‌ریزی امور آموزشی و تحصیلات تکمیلی با همکاری واحدهای ذیربط و نظارت بر حسن اجرای وظایف واحدهای وابسته و اجرای برنامه‌ها و فعالیت‌های آموزشی هر دانشکده و ارزیابی آن و ارائه گزارش لازم به هیأت رئیسه؛
پایش و ارزیابی عملکرد آموزشی دانشجویان و اعضای هیأت علمی و مدیران آموزشی واحدهای مختلف در هر نیمسال و انعکاس آن به ریاست دانشگاه و اعلام نتیجه ارزیابی به اعضای هیأت علمی؛
اجرای دوره‌های کوتاه مدت آموزشی و ضمن خدمت؛
برنامه‌ریزی جهت تامین امکانات و تخصیص اعتبار لازم جهت تعامل علمی- آموزشی حوزه و دانشگاه و ایجاد زمینه مناسب جهت نیل به علم دینی و علوم انسانی اسلامی؛
برنامه ریزی آموزشی موسسه در راستای سند چشم انداز، نقشه جامع علمی و آمازش سرزمین؛
اهتمام به برگزاری دوره‌های  توانمندسازی و دانش‌افزایی؛
ارزیابی و بازنگری محتوای سرفصل‌ها به منظور به روز رسانی، کارآمدی اعضای هیات علمی موسسه، غنابخشی و ارزش مداری و ارائه پیشنهاد لازم به  وزارتین  حسب مورد؛
برنامه‌ریزی برای ارتقای مهارتهای علمی- تخصصی دانشجویان جهت ورود به جامعه؛
نظارت و ارزیابی فرآیند اجرایی شده نقشه جامع علمی کشور در موسسه با هماهنگی وزارت متبوع.